При выполнении CGI-скриптов используется chroot suEXEC. Это означает, что они выполняются под вашим ID пользователя. Для каталогов рекомендуется устанавливать режим 700 или rwx------. Для общедоступных каталогов и каталогов со скриптами — 755 или rwxr-xr-x. Для файлов с данными — 600 или rw-------. Для общедоступных файлов — 644 или rw-r--r--.